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基于 3D 卷积神经网络和 ADNI 数据集的阿尔兹海默智能诊断 Web 应用

27 人参与  2024年04月26日 15:55  分类 : 《资源分享》  评论

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Image_Recognition_WebGUI

基于 3D 卷积神经网络和 ADNI 数据集的阿尔兹海默智能诊断 Web 应用:AI 人工智能图像识别-Pytorch;可视化 Web 图形界面-Pywebio; nii 医学影像识别。图像识别可视化界面,快速部署深度学习模型为网页应用,Web预测系统,决策支持系统(DSS),图像识别前端网页;nii医学影像处理;ADNI数据集。100%纯Python代码,轻量化,易复现

源代码可从本项目仓库下载:
?github
?gitee

?English Readme

轻量化版本链接 包含模型训练代码

个人网站:www.bytesc.top 含轻量化版本在线演示

个人博客:blog.bytesc.top

功能简介

1, 根据脑部 MRI 医学影像智能诊断阿尔兹海默病2, 绘制参数相关性热力图3, 使用纯 python 编写,轻量化,易复现,易部署4, 代码可读性高,核心部分有极详细注释

界面展示

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点击"使用 demo.nii",可以使用默认的 demo 图像测试识别功能

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也可以自己上传医学影像

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点击"查看图像",渲染参数热力图

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根据上传的图像,生成参数相关性热力图
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如何使用

python 版本 3.9

需要 8GB 以上内存

先安装依赖

pip install -r requirement.txt

demo01.py 是项目入口,运行此文件即可启动服务器

python demo01.py

复制链接到浏览器打开
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点击”Demo“即可进入 Web 界面
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之后,可以点击“使用 demo.nii”使用默认的测试样例。也可以点击“上传.nii”,选择 readme_static/test 文件夹内不同类别的图像文件上传测试

项目结构

└─Image_Recognition_WebGUI    ├─data    │  └─model_save    ├─imgs    │  ├─img_hot    │  ├─img_merge    │  └─img_raw    ├─nii    ├─readme_static    │  ├─readme_img    │  └─test    │      ├─AD    │      ├─CN    │      ├─EMCI    │      ├─LMCI    │      └─MCI    └─run_logs
data 文件夹存放部分静态资源,其中的 model_save 文件夹存放训练好的模型imgs 文件夹存放渲染的图片nii 文件夹存放用户上传的医学影像数据readme_static 存放 readme 文档中用的静态资源readme_static/test 文件夹内存放了一些五个类别的影像文件,可用于测试run_logs 存放用户访问日志

分类器核心代码

from torch import nnimport torchclass ClassificationModel3D(nn.Module):    """分类器模型"""    def __init__(self, dropout=0.4, dropout2=0.4):        nn.Module.__init__(self)        # 定义四个Conv3d层        self.Conv_1 = nn.Conv3d(1, 8, 3)  # 输入通道数为1,输出通道数为8,卷积核大小为3x3x3        self.Conv_2 = nn.Conv3d(8, 16, 3)  # 输入通道数为8,输出通道数为16,卷积核大小为3x3x3        self.Conv_3 = nn.Conv3d(16, 32, 3)  # 输入通道数为16,输出通道数为32,卷积核大小为3x3x3        self.Conv_4 = nn.Conv3d(32, 64, 3)  # 输入通道数为32,输出通道数为64,卷积核大小为3x3x3        # 定义四个BatchNorm3d层,每个卷积层后面跟着一个BatchNorm3d层        self.Conv_1_bn = nn.BatchNorm3d(8)        self.Conv_2_bn = nn.BatchNorm3d(16)        self.Conv_3_bn = nn.BatchNorm3d(32)        self.Conv_4_bn = nn.BatchNorm3d(64)        # 定义四个MaxPool3d层,每个卷积层后面跟着一个MaxPool3d层        self.Conv_1_mp = nn.MaxPool3d(2)  # 池化核大小为2        self.Conv_2_mp = nn.MaxPool3d(3)  # 池化核大小为3        self.Conv_3_mp = nn.MaxPool3d(2)  # 池化核大小为2        self.Conv_4_mp = nn.MaxPool3d(3)  # 池化核大小为3        # 定义两个全连接层        self.dense_1 = nn.Linear(4800, 128)  # 输入维度为4800,输出维度为128        self.dense_2 = nn.Linear(128, 5)  # 输入维度为128,输出维度为5。因为这是一个五分类问题,所以最终需要输出维度为5        # 定义ReLU激活函数和dropout层        self.relu = nn.ReLU()        self.dropout = nn.Dropout(dropout)  # 防止过拟合        self.dropout2 = nn.Dropout(dropout2)  # 增强鲁棒性    def forward(self, x):        # 第一层卷积层        x = self.relu(self.Conv_1_bn(self.Conv_1(x)))        """        这行代码是对输入 x 进行卷积、批归一化和 ReLU 激活函数的操作。        self.Conv_1(x) 对输入 x 进行 3D 卷积操作,输出一个特征图。        self.Conv_1_bn(...) 对卷积输出的特征图进行批归一化操作,得到归一化后的特征图。        self.relu(...) 对归一化的特征图进行 ReLU 激活函数操作,得到激活后的特征图。        整个操作的作用是提取输入 x 中的特征,并将其非线性化,使得网络能够更好地学习这些特征。这里使用了批归一化的技术,可以加速模型的训练过程并提高模型的泛化能力。最终得到的输出结果是经过卷积、批归一化和 ReLU 激活函数处理后的特征图 x。        """        # 第一层卷积层的最大池化        x = self.Conv_1_mp(x)        """        这行代码是对输入 x 进行最大池化操作,将特征图的大小缩小一半。        self.Conv_1_mp(...) 对输入 x 进行最大池化操作,池化核大小为 2。        池化操作会将特征图中每个池化窗口内的最大值提取出来,作为输出特征图的对应位置的值,从而将特征图的大小缩小一半。        最大池化操作可以帮助网络实现空间不变性,使得网络在输入发生轻微变化时仍能识别出相同的特征。在这个模型中,经过最大池化后的特征图 x 会传递到下一层卷积层中进行特征提取和非线性化处理。        """        # 第二层卷积层        x = self.relu(self.Conv_2_bn(self.Conv_2(x)))        # 第二层卷积层的最大池化        x = self.Conv_2_mp(x)        # 第三层卷积层        x = self.relu(self.Conv_3_bn(self.Conv_3(x)))        # 第三层卷积层的最大池化        x = self.Conv_3_mp(x)        # 第四层卷积层        x = self.relu(self.Conv_4_bn(self.Conv_4(x)))        # 第四层卷积层的最大池化        x = self.Conv_4_mp(x)        # 将张量展平为一维向量        x = x.view(x.size(0), -1)        """        这行代码是将输入张量 x 展平为一维向量。        x.size(0) 得到输入张量 x 的第一个维度的大小,也就是张量的批次大小。        -1 表示将第二个维度及其后面的所有维度展平为一维。        x.view(...) 对输入张量 x 进行形状变换,将其展平为一维向量。        这个操作的作用是将经过卷积和池化处理后的特征图 x 变为一维向量,以便于传递到全连接层进行分类或回归等任务。展平后的向量大小为 (batch_size, num_features),其中 batch_size 是输入张量的批次大小,num_features 是展平后的向量元素个数,也就是经过卷积和池化处理后的特征数量。        """        # dropout层        x = self.dropout(x)        """        这行代码是对输入张量 x 进行 dropout 操作,即以一定概率将输入张量中的部分元素置为零。        self.dropout(...) 对输入张量 x 进行 dropout 操作,丢弃概率为 dropout。        dropout 操作会以一定概率将输入张量中的部分元素置为零,从而达到随机失活的目的。这样做可以减少过拟合,增强模型的泛化能力。        在这个模型中,dropout 操作被应用在全连接层之前,可以帮助模型更好地学习到数据的特征,防止过拟合。最终得到的 x 张量是经过 dropout 操作后的结果,会传递到下一层全连接层进行处理。        """        # 全连接层1        x = self.relu(self.dense_1(x))        """        这行代码是对输入张量 x 进行全连接操作,并应用 ReLU 激活函数。        self.dense_1(x) 对输入张量 x 进行全连接操作,将其映射到大小为 128 的特征空间中。        self.relu(...) 对全连接层的输出进行 ReLU 激活函数操作,得到激活后的特征向量。        在这个模型中,全连接层的作用是将经过卷积、池化和 dropout 处理后的特征向量映射到一个新的特征空间中,以便于进行分类或回归等任务。ReLU 激活函数的作用是对特征向量进行非线性化处理,使得网络能够更好地学习到数据中的非线性相关性。最终得到的 x 张量是经过全连接层和 ReLU 激活函数处理后的结果,会传递到下一层 dropout 层进行处理。        """        # dropout2层        x = self.dropout2(x)        # 全连接层2        x = self.dense_2(x)        # 返回输出结果        return xif __name__ == "__main__":    # 创建一个 ClassificationModel3D 类的实例 model,即创建一个 3D 图像分类模型    model = ClassificationModel3D()    # 创建一个形状为 (1, 1, 166, 256, 256) 的测试张量 test_tensor,    # 其中 1 表示批次大小,1 表示输入通道数,166、256 和 256 分别表示输入数据的深度、高度和宽度    test_tensor = torch.ones(1, 1, 166, 256, 256)    # 对测试张量 test_tensor 进行前向传递,得到模型的输出结果 output    output = model(test_tensor)    # 打印输出结果的形状,即 (batch_size, num_classes),其中 batch_size 是测试张量的批次大小,num_classes 是分类任务的类别数    print(output.shape)

ref: https://github.com/moboehle/Pytorch-LRP

数据集:https://adni.loni.usc.edu

开源许可证

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